Το νησί τους καλοκαιρινούς μήνες συνδέεται τακτικά με το λιμάνι του Πειραιά.

Το ταξίδι με το συμβατικό πλοίο (4 φορές την εβδομάδα) διαρκεί 11-13 ώρες, ανάλογα με το εκτελούμενο δρομολόγιο ενώ με το ταχύπλοο (καθημερινά) διαρκεί 4 ώρες.

Υπάρχει ακτοπλοϊκή σύνδεση με:

Ανατολικές Κυκλάδες: Πάρο, Νάξο, Ίο, Σίκινο, Σαντορίνη, Ανάφη

Δυτικές Κυκλάδες: Κύθνο, Σέριφο, Σίφνο, Κίμωλο, Μήλο

Τοπικά δρομολόγια συνδέουν το νησί με: Ανάφη, Θηρασιά, Ίο, Νάξο, Πάρο, Σίκινο, Πάρο.

Στη Φολέγανδρο υπάρχει ελικοδρόμιο εξοπλισμένο με συστήματα νυχτερινής προσγείωσης.