Η Σίκινος κατοικείται από τα Μυκηναϊκά χρόνια και οι πρώτοι κάτοικοι ήταν οι Ίωνες. Το νησί ιστορικά ακολούθησε την τύχη και των υπόλοιπων Κυκλάδων. Αποτέλεσε μέλος της Αθηναϊκής συμμαχίας και κατέβαλε ετήσιο φόρο στην Αθήνα χιλίων αττικών δραχμών. Στη συνέχεια πέρασε από τα χέρια Μακεδόνων και Πτολεμαίων και κατακτήθηκε από του Ρωμαίους. Μάλιστα κατά τη Ρωμαϊκή κυριαρχία η Σίκινος χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εξορίας. Οι επόμενοι κατακτητές του νησιού ήταν οι Βενετοί και ύστερα οι Τούρκοι.

Την περίοδο της Ενετοκρατίας, από το 1207 το νησί άνηκε στο Δουκάτο της Νάξου. Όπως και τα υπόλοιπα νησιά των Κυκλάδων, η Σίκινος δε γλύτωσε από τις πειρατικές επιδρομές του φοβερού Μπαρμπαρόσα. Ο πειρατής κατέκτησε το νησί το 1537 και το ανάγκασε να πληρώνει φόρο υποτέλειας στο σουλτάνο. Το 1566 ενσωματώθηκε στην Οθωμανική επικράτεια. Μεγάλη πληγή υπήρξε η πειρατική επιδρομή του 1774 που έπνιξε στο αίμα το νησί. Η Σίκινος ενώθηκε με την υπόλοιπη ελεύθερη Ελλάδα το 1829.