Σύμφωνα με ανασκαφές, η Σίφνος κατοικείται από τη νεολιθική περίοδο, όταν το νησί ήταν γνωστό με το όνομα Μερόπια. Οι πρώτοι κάτοικοι της Σίφνου ήταν οι Πελασγοί και ακολούθησαν οι Φοίνικες, οι Κάρες και οι Λέλεγες. Το 3000 π.Χ πληθυσμός από τη Μικρά Ασία κατοίκησε στο νησί και μαζί με τους ήδη κατοίκους ανέπτυξαν τον Πρωτοκυκλαδίτικο πολιτισμό. Το 1130 π. Χ. το νησί αποικείται από τους Ίωνες οι οποίοι ιδρύουν την αρχαία πρωτεύουσα που βρισκόταν στην ανατολική πλευρά, το σημερινό Κάστρο. Σύμφωνα με ευρήματα, τον 6ο αιώνα γίνονται έργα αποχέτευσης και ύδρευσης ενώ χτίζονται αρκετοί ναοί και κτίρια όπως το Πρυτανείο και η Αγορά. Εκείνη την περίοδο το νησί γνωρίζει μεγάλη οικονομική άνθηση εκμεταλλευόμενο τα ορυχεία του και αναπτύσσεται στη γεωργία και το εμπόριο. Μάλιστα εκδόθηκε και τοπικό νόμισμα. Όταν για ανεξακρίβωτους λόγους τα ορυχεία καταστράφηκαν, το νησί γνώρισε την παρακμή.

Το 415 π.Χ. η Σίφνος πολεμά στο πλευρό των Αθηναίων της Σικελίας. Το 411π.Χ. εγκαθίσταται στο νησί φιλοσπαρτιατική ηγεσία και οι κάτοικοι έχουν να αντιμετωπίσουν τη βαριά φορολογία που τους επιβάλλεται. Από το 324 π.Χ. η Σίφνος αποτελεί μέρος της «Επαρχίας των νήσων» του Βυζαντινού Κράτους με πρωτεύουσα τη Ρόδο. Το 146 π.Χ. το νησί καταλαμβάνεται από τους Ρωμαίους μαζί με τα υπόλοιπα νησιά, ενώ τα χρόνια που ακολουθούν δέχεται επιδρομές από Άραβες, Ενετούς, Τούρκους και Φράγκους πειρατές. Το 1207 ο Μάρκος Σανούδος, ανηψιός του Δούκα της Βενετίας, ιδρύει το Δουκάτο του Αιγαίου που αποτελείται από 17 νησιά, ανάμεσα στα οποία συγκαταλέγεται και η Σίφνος. Το 1279 το νησί κατακτά ο Λικάριος, ναύαρχος του Βυζαντίου και η Σίφνος μένει στα χέρια των Βυζαντινών μέχρι και το 1307. Το 1537 ο τρομερός πειρατής Μπαρμπαρόσα λεηλατεί και καταλαμβάνει τη Σίφνο και τις υπόλοιπες Κυκλάδες.

Την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Σίφνος αποκτά προνόμια από τους Σουλτάνους Μουράτ Γ’και Ιμπραήμ. Οι κάτοικοι μπορούσαν να συντηρούν τις εκκλησίες τους χωρίς φόβο, ενώ ήταν απαλλαγμένοι από το παιδομάζωμα. Το νησί ξεκινά τον αγώνα κατά των Τούρκων στις 15 Απριλίου 1821 με γενναίους αγωνιστές αλλά και προσφέροντας σημαντικά ποσά για την ενίσχυση του ελληνικού αγώνα.